Shin Tae-yong sudah tiga kali melibatkan Timnas Indonesia dalam Piala AFF. Sayangnya, selama 3 kesempatan tersebut, pelatih asal Korea Selatan itu belum sukses membawa pulang trofi juara.
Pada Piala AFF 2022, turnamen diadakan di Singapura pada Desember 2021 dan Januari 2022. Shin Tae-yong memanggil beberapa pemain seperti Elkan Baggott, Pratama Arhan, Irfan Jaya, Ezra Walian, hingga Asnawi Mangkualam.
Setelah kalah dengan agregat 2-6 dari Thailand di putaran final.
Pada edisi 2022, Timnas Indonesia mengalami penurunan pencapaian. Shin Tae-yong hanya membawa Timnas Indonesia hingga ke perempat final. Indonesia terhenti dari perempat final setelah dikalahkan Vietnam dengan agregat 0-2.
Performa semakin lemah pada Piala AFF 2024. Menurun dengan sebagian besar pemain berusia di bawah 22 tahun, shin gagal membawa Indonesia maju ke babak semifinale.
Bahkan, Indonesia seri 3-3 melawan Laos dan kalah 0-1 dari Filipina di Stadion Manahan Solo. Kedua hasil ini membentuk sejarah buruk baru karena baru pertama kali terjadi di kandang sendiri dalam sejarah.
